Klasifikasi sistem filogenetik pada makhluk hidup merupakan sistem klasifikasi modern berdasarkan filogeni, yaitu klasifikasi makhluk hidup yang disusun dengan cara melihat keturuan dan hubungan kekerabatan. Organisme – organisme yang berkerabat dekat memiliki persamaan ciri yang lebih banyak dibandingkan dengan organisme yang berkerabat jauh. Ciri – ciri yang digunakan dalam klasifikasi sistem filogenetik adalah ciri morfologi, anatomi, fisiologi, dan perilaku.
Klasifikasi sistem filogenetik pada makhluk hidup terbagi menjadi enam kingdom, yaitu:
- Kingdom Eubacteria, ciri – cirinya adalah prokariot bersel satu. Contohnya: Sinaobakteri, Spirochaetae, Firmicutes, Proeobacteria, Aquificae, Actinobacteria, Chlamydiae, Acidobacteria, Thermus, Bacteroidetes.
- Kingdom Archaebacteria, ciri – cirinya adalah prokariot mirip eukariot. Contohnya: Crenarchaeota, Euryarchaeota, Thaumarchaeota, Lokiarchaeota, Nanoarchaeum Equitans, Bathyarchaeota.
- Kingdom Protista, ciri – cirinya adalah eukariot bersel satu, tidak memiliki sel yang terdiferensiasi. Contohnya: Marimo, Foraminifera, Radiolaria, Naegleria Fowleri, Wakame, Paramecium Caudatum, Rhizaria, Physarum Polycephalum, Amoeba Proteus, Macrocystis Pyrifera.
- Kingdom Fungi, ciri – cirinya bersifat eukariot osmotrofik bersel satu atau banyak. Contohnya: Ascomycota, Basidiomikota, Zygomycota, Eomycota, Chytridiomycota, Blastocladiomycota, Microsporidia, Hyphomycetes, Glomeromycota, Neocallimastigomycota.
- Kingdom Plantae, ciri – cirinya bersifat autrotof, eukariot multiseluler, dan bereproduksi dengan spore. Contohnya: Magnoliophyta, Pinophyta, Bryophyta, Tracheophyta, Embryophyta, Charophyta, Marchantiophyta, Drosera subtilis, Rhodophyta, Glaucophyta.
- Kingdom Animalia, bersifat heterotrof dan eukariot multiselular. Contohnya: Insecta, Reptilia, Amphibia, Medusozoa, Porifera, Arthropoda, Chordata, Mollusca, Echinodermata, Tardigrades.