Pencemaran air adalah masuk atau dimasukkannya polutan ke dalam air. Pencemaran air limbah pertanian dapat mengakibatkan penurunan kualitas sifat fisika dan kimia air, terganggunya kehidupan organisme air dan organisme sekitar perairan serta organisme pemakan organisme perairan.
Pencemaran air limbah pertanian dapat terjadi karena disebabkan oleh kegiatan yang dilakukan manusia untuk meningkatkan produksi di areal pertanian, misalnya kegiatan-kegiatan berupa penggunaan pestisida dan penggunaan pupuk buatan, dapat menghasilkan redisu di lahan pertanian yang berakibat pada penurunan kualitas lingkungan pertanian tersebut.
Selain itu, pencemaran air juga banyak disebabkan karena insektisida dan herbisida. Insektisida dapat membahayakan lingkungan pertanian, tingkat racun dari insektisida dapat memberikan akibat biologis pada semua makhluk hidup baik serangga maupun makhluk hidup perairan.